Këshilli i Bashkimit Europian (ose i ministrave) është trup kryesor që merr vendime në BE. Si edhe Parlamenti Europian, ashtu dhe Këshilli është i formuar me marrëveshjet themeluese. Kryesimin e Këshillit e ndërmarrin shtetet anëtare të BE-së, në çdo gjashtë muaj. Në çdo seancë të Këshillit merr pjesë nga një ministër nga çdo shtet anëtar. Në pajtim me marrëveshjet, Këshilli i miraton vendimet me shumicë të thjeshtë, shumicë të kualifikuar ose njëzëri, varësisht nga çështja për të cilën vendoset. Këshilli doemos duhet të miratojë njëzëri vendim për çështje të rëndësishme siç janë ndryshimet në marrëveshjet, zbatimi i politikës së re ose dhënia e pëlqimit BE-së për procesin e zgjerimit me shtete të reja. Këshilli ka gjashtë përgjegjësi kyçe: është organi kryesor juridiko-ligjdhënës i Unionit, edhe pse ky funksion është i ndarë me Parlamentin Europian; së bashku me Parlamentin Europian është organi që e miraton Buxhetin e BE; lidh marrëveshjet ndërkombëtare ndërmjet BE me një ose më shumë shtete ose organizata ndërkombëtare; është përgjegjës për koordinimin e politikave të hollësishme europiane të shteteve anëtare; zhvillon politikën e jashtme dhe të sigurisë së përbashkët të BE dhe koordinon bashkëpunimin ndërmjet gjykatave dhe forcave policore të shteteve të veçanta, në pikëpamje të veprimeve kriminale.